La Escuela Ecuménica de Ciencias de la Religión nace con la Universidad Nacional, en 1973, gracias a la visión del propio Pbro. Benjamín Núñez y el Dr. Roberto Murillo, queda establecida la importancia de la formación espiritual como fundamento para la carrera de Teología.
Desde sus inicios la Escuela ha contado con el aporte de distinguidos Teólogos de diferentes nacionalidades, entre ellos: Dr. Arnoldo Mora, Abraham Soria (Guatemala), Dr. Francisco Avendaño (Costa Rica), Dr. Juan Stam (Suiza), Dr. Pablo Richard (Chile) y Mons. Higinio Alas (El Salvador).
En los primeros años, muchos de los estudiantes provenían del Instituto Teológico de América Central (ITAC), a quienes se les reconocía algunos de los cursos en dicho instituto, así como sacerdotes. También existió el interés por la participación de mujeres, con lo que en desde sus primeras promociones participaron también mujeres catequistas que deseaban obtener un título universitario en Teología.
En el año 1996 se aprueba la apertura del Diplomado en Teología. En el año 2002 el CONARE avala la solicitud de modificación de los planes de estudio de bachillerato y licenciatura para dar continuidad al diplomado en Teología mediante el oficio CNR 226-02. [OPES-22-2013]
En el año 2011 implementa la modaldad virtual, con lo que se amplian las posibilidades a los estudiantes, para llevar los cursos de forma remota.