El Programa Pueblos Indígenas, agroecología y buen vivir, adscrito a la Escuela Ecuménica de Ciencias de la Religión de la Universidad Nacional, enfatiza el trabajo interdisciplinario e inter-unidades académicas, y está abierto a la cooperación con otras instituciones universitarias y organismos regionales.
Se promueve el desarrollo de acciones investigativas, docentes y de extensión universitaria en torno a agroecología, espiritualidad, derechos humanos y buen vivir, principalmente con poblaciones indígenas, aunque también se podría trabajar con poblaciones mestizas aledañas a los territorios indígenas.
Entre las disciplinas involucradas en los diferentes proyectos se encuentra: Teología, agronomía, agroecología, veterinaria, bibliotecología e historia.
El programa que coordina y articula iniciativas, desarrolla actividades con los pueblos indígenas: chorotegas, bribris y térrabas.